Pengunjung yang mencari ketenangan selepas menjelajah kuil-kuil Kyoto boleh memilih hotel spa dengan onsen. Hotel-hotel ini menawarkan kolam air panas semula jadi, pusat spa, dan sauna. Terletak di kawasan strategik seperti Shimogyo berhampiran Stesen Kyoto dan Higashiyama yang bersejarah, penginapan ini sesuai untuk pelbagai bajet - daripada suite mewah Four Seasons hingga pilihan mid-range seperti Ala Hotel Kyoto.
Antara hotel terbaik, Four Seasons Hotel Kyoto menonjol dengan taman Jepun Shakusuien dan rumah teh, manakala Park Hyatt Kyoto di Higashiyama menawarkan sauna dan tab panas. Onyado Nono Kyoto Shichijo menampilkan onsen semula jadi dengan kolam air panas, dan Dusit Thani Kyoto menyediakan kolam renang dalaman serta spa. Pelawat dinasihatkan menempah awal, terutamanya untuk akses onsen, dan mematuhi etika mandi tradisional Jepun.