Penginapan di Tokyo dengan kemudahan onsen menawarkan pengalaman mandian air panas asli di tengah bandar. Hotel-hotel ini biasanya terletak di daerah utama seperti Shinjuku, Roppongi, dan Marunouchi, dengan akses mudah ke stesen kereta api. Kemudahan spa, kolam renang dalaman, dan pusat kecergasan menjadi standard. Anggaran bajet untuk penginapan ini bermula dari RM800 semalam, bergantung pada musim dan jenis bilik. Pastikan anda menyemak sama ada onsen menggunakan sumber air panas semula jadi atau air paip yang dipanaskan.
Antara hotel terbaik dengan onsen termasuk Hotel Chinzanso Tokyo yang mempunyai taman Jepun bersejarah dan tempat mandian air panas tradisional di YU The Spa. Park Hyatt Tokyo di Shinjuku menawarkan Club On The Park seluas 2,100 m2 dengan spa dan kolam renang dalaman. Untuk pengalaman mewah, Bvlgari Hotel Tokyo berhampiran Stesen Tokyo menyediakan spa, sauna, dan kolam renang dalaman. Hotel-hotel ini sesuai untuk pelancong perniagaan, pasangan romantis, atau keluarga yang mencari ketenangan selepas meneroka bandar.