Hotel 3 bintang di Kota Kinabalu menawarkan penginapan yang selesa dengan harga berpatutan, sesuai untuk pelancong bajet. Kebanyakan hotel ini terletak di pusat bandar, berdekatan dengan pusat membeli-belah seperti IMAGO dan Warisan Square. Kemudahan seperti WiFi percuma, sarapan pagi, dan tempat letak kereta percuma sering disediakan. Kos penginapan biasanya antara RM100 hingga RM200 semalam, bergantung pada lokasi dan musim.
Antara hotel 3 bintang yang mendapat rating tinggi termasuk Monocolo Boutique Hotel yang menawarkan rekaan moden dan suasana romantik, sesuai untuk pasangan. The Klagan Hotel terkenal dengan kafe atas bumbung yang menyajikan masakan Asia. Raia Hotel menyediakan persekitaran mesra Muslim dan dua restoran halal. Lintas Platinum Hotel pula dekat dengan lapangan terbang dan menawarkan pelbagai pilihan masakan. Setiap hotel ini menyediakan perkhidmatan 24 jam dan kemudahan asas yang memuaskan.