Kota Kinabalu menawarkan pilihan hotel spa bertaraf antarabangsa yang sesuai untuk pelancong yang inginkan pengalaman relaksasi premium. Dari pusat bandar hingga ke tepi pantai, hotel-hotel ini menyediakan pelbagai rawatan spa seperti urutan tradisional, sauna, dan mandian wap. Bajet untuk penginapan spa di sini biasanya bermula dari RM250 hingga RM800 semalam, bergantung pada lokasi dan kemudahan. Kawasan seperti Tanjung Aru dan Karambunai menjadi pilihan utama kerana pemandangan laut dan suasana tenang.
Antara hotel terbaik termasuk Shangri-La Tanjung Aru dengan pusat spa Chi yang terkenal, kolam renang infinity, dan padang golf 9 lubang. Le Meridien Kota Kinabalu di pusat bandar menawarkan spa moden, kolam renang luaran, dan bar atas bumbung. Untuk pengalaman resort lengkap, Nexus Resort & Spa menyediakan spa Borneo, tiga kolam renang, dan padang golf 18 lubang. The Pacific Sutera dan The Magellan Sutera di Sutera Harbour juga mempunyai spa mewah serta akses ke marina dan kelab golf. Setiap hotel ini memberikan layanan profesional dengan kemudahan bertaraf tinggi, sesuai untuk pasangan romantis atau keluarga yang inginkan percutian menyegarkan.