Melaka menawarkan pelbagai pilihan hotel butik yang menggabungkan seni bina warisan dengan kemudahan moden. Dari rumah agam yang diubah suai hingga resort bertema kabin kayu, setiap hotel menawarkan pengalaman unik. Antara yang tertinggi ialah The Majestic Malacca Hotel yang menampilkan kolam renang luar dan spa dengan rawatan Peranakan. Casa Del Rio Melaka pula terletak di tebing Sungai Melaka, berjalan kaki ke Jonker Walk, dengan kolam infinity dan tiga pilihan restoran.
Bagi yang mencari penginapan mesra bajet, Venus Boutique Hotel dan Mio Boutique Hotel menyediakan bilik bersih di lokasi strategik. Untuk suasana resort, Philea Resort & Spa di Ayer Keroh menawarkan kabin kayu dikelilingi alam semula jadi. Kebanyakan hotel butik ini menyediakan sarapan, WiFi percuma, dan tempat letak kereta. Tempah lebih awal untuk mendapatkan kadar terbaik, terutamanya pada hujung minggu.