Sandakan menawarkan pelbagai pilihan hotel bajet yang sesuai untuk pengembara yang ingin menjimatkan perbelanjaan. Dengan bajet serendah RM50 hingga RM100 semalam, anda boleh mendapatkan bilik yang siap dengan WiFi percuma, tempat letak kereta percuma, dan penghawa dingin. Kebanyakan hotel ini terletak berhampiran Lapangan Terbang Sandakan dan pusat bandar, memudahkan akses ke tarikan utama seperti Pusat Pemulihan Orang Utan Sepilok dan Pekan Sandakan.
Antara hotel bajet yang mendapat penarafan tinggi termasuk The Elopura Hotel yang menawarkan pemandangan Laut Sulu dan suasana bersejarah, The Pavilion Hotel dengan kemudahan sarapan bufet setiap hari, serta Livingston Hotel yang dilengkapi kolam renang dan sarapan pagi. Untuk pengembara yang memerlukan kemudahan asas, Sanbay Hotel dan Tyng Garden Hotel menyediakan bilik bersih dengan kemudahan asas yang mencukupi. Kebanyakan hotel ini juga menawarkan perkhidmatan 24 jam dan tempat letak kereta percuma. Nasihat: pilih hotel berdasarkan lokasi dan kemudahan yang diutamakan, terutamanya jika anda merancang lawatan ke Pusat Pemulihan Orang Utan Sepilok atau pusat bandar.