Semporna menawarkan pelbagai pilihan hotel bajet yang sesuai untuk pengembara yang ingin menjimatkan kos tanpa mengorbankan keselesaan. Dengan bajet serendah RM50 semalam, anda boleh mendapatkan bilik yang lengkap dengan WiFi percuma, parkir, dan pendingin hawa. Sebahagian besar hotel murah ini terletak di pusat bandar Semporna, memudahkan akses ke jeti untuk lawatan pulau dan restoran tempatan. Antara kemudahan yang biasa ditawarkan termasuk bilik keluarga, perkhidmatan bilik, dan kemudahan membuat teh/kopi. Untuk pengalaman yang lebih selesa, pilih hotel yang menyediakan sarapan atau kolam renang.
Antara hotel murah yang mendapat ulasan positif ialah Sipadan Inn 2, yang menawarkan pemandangan laut dari balkoni dan skor 6.2. TD Mutiara Hotel Semporna menyediakan parkir percuma dan sarapan, dengan skor 7.0. Memory Boutique Hotel menonjol sebagai hotel butik bajet dengan skor 8.0, manakala Boxinn The Kontena Home unik dengan kolam renang luaran dan pemandangan bandar. Wings Hotel dan Semporna Seaview Hotel juga pilihan bajet yang baik dengan WiFi percuma. Pastikan anda menempah lebih awal terutamanya semasa musim puncak menyelam.