Kota Kinabalu menawarkan pilihan hotel deluxe yang menggabungkan kemewahan bandar dan ketenangan pantai. Tetamu boleh memilih antara hotel di pusat bandar seperti Hyatt Regency Kinabalu dengan kolam renang luaran dan enam restoran, atau resort tepi pantai seperti Shangri-La Tanjung Aru yang dilengkapi spa Chi, kolam renang water jet, dan padang golf 9 lubang. Kebanyakan hotel ini menyediakan pemandangan Laut China Selatan atau latar langit bandar, serta kemudahan seperti pusat kecergasan dan perkhidmatan bilik 24 jam.
Bagi pelancong keluarga, resort seperti The Pacific Sutera dan The Magellan Sutera menawarkan kolam renang bersaiz Olimpik, kelab kanak-kanak, dan pelbagai sukan air. Hotel-hotel di pusat bandar seperti Hilton dan Marriott sesuai untuk pelancong perniagaan dengan ruang legar eksekutif dan dewan mesyuarat. Dengan 8 hotel utama yang mempunyai skor ulasan antara 81 hingga 94, pengunjung boleh memilih berdasarkan keutamaan sama ada lokasi, kemudahan spa, atau akses terus ke pusat membeli-belah seperti Imago Mall. Tempahan awal disarankan untuk mendapatkan kadar terbaik, terutamanya semasa musim cuti.